Hospital Universitário Pedro Ernesto (Hupe)
O Hospital Universitário Pedro Ernesto (Hupe) é peça fundamental na estrutura de ensino, pesquisa e atendimento à saúde da Uerj. Além de sua importância para o sistema de saúde do Estado do Rio de Janeiro, o Hupe forma novos profissionais e produz conhecimento. Com 560 leitos e 16 salas cirúrgicas, o hospital é capaz de realizar cirurgias em mais de 60 especialidades e subespecialidades médicas, incluindo procedimentos sofisticados, como cirurgia cardíaca e transplantes de rim e de coração. O Hupe não possui emergência, atendendo apenas a pacientes encaminhados por outras unidades públicas de saúde.
Policlínica Universitária Piquet Carneiro (PPC)
É o maior posto de assistência médica da América Latina, com 15 mil m² de área útil. Até 1995, a unidade tinha perfil ambulatorial, ganhando novas características após convênio de cogestão entre o Ministério da Saúde e a Uerj, visando a fortalecer o Sistema Único de Saúde (SUS) com a integração docente-assistencial. Dessa forma, a Policlínica tornou-se espaço de formulação, implementação, testagem e avaliação de modelos de saúde, através da integração ensino/serviço/pesquisa com a perspectiva de desospitalização, enfatizando práticas de saúde preventivas e resolutivas. Possui 32 especialidades/serviços médicos, apoio diagnóstico/terapêutico e atende em média 50 mil pacientes por mês.
Hospital Universitário Reitor Hesio Cordeiro (HURHC)
A mais nova unidade de Saúde da Uerj está localizada em Cabo Frio, na Região dos Lagos. Inaugurado em 15 de outubro de 2021, o hospital está aberto para atendimento clínico em enfermaria para pacientes adultos encaminhados pelo Sistema de Regulação do Estado (Sisreg) para as especialidades de Cardiologia, Endocrinologia, Nefrologia e Neurologia. Quando estiver em pleno funcionamento, o HURHC terá estrutura para internação, com cerca de 50 leitos, salas de cirurgias e UTI equipada com ventiladores mecânicos e monitores multiparâmetros. A unidade, antes parte da iniciativa privada, foi incorporada à Universidade por meio de parceria com o Governo do Estado do Rio de Janeiro, como hospital universitário do Sistema Único de Saúde (SUS). Futuramente, ele estará vinculado à Faculdade de Ciências Médicas da Uerj, com previsão de ser aberta na cidade até 2023.